Het schoolgebouw is in 1923 gebouwd naar ontwerp van de stadsarchitect J.I. Planjer. Geïnspireerd door het principe van de openluchtscholen hield Planjer rekening met heilzame werking van buitenlucht voor schoolkinderen.[1] Hij ontwierp een school in landelijke stijl aan de rand van de stad, de kinderen konden hier buitenles krijgen in een aangrenzend weiland. Planjer ontwierp nog diverse andere Utrechtse schoolgebouwen zoals die voor het Utrechts Stedelijk Gymnasium aan de Homeruslaan.
In de loop der geschiedenis heette de Rietendakschool ook de Cort van der Lindenschool en breidde de bebouwde omgeving van de stad zich uit. Aan het nabijgelegen Ondiep 63 had de school een dependance.
In 1987 woedde een grote brand in het schoolgebouw. Rond de kerst van 1996 sloegen de vlammen uit het dak. In november 2002 was er ook brand. De school heeft zaterdag 11 juni 2004 voor de vierde keer in de brand gestaan. Slechts 25 vierkante meter van het dak brandde af, doordat de brandweer snel optrad.
Bernard Brosi maakte deze indrukwekkende documentaire over deze brand, waarin we ook zien hoe toenmalig burgemeester Opstelten werd gebriefd over de brand.